蛋白质组，一个近十年才出现的词汇，描述了一个飞速发展并且日渐成熟的生物学分支。蛋白质组学即是对蛋白质的综合分析，目标是达到其他手段所不能达到的高通量、大规模的分析。它通过对细胞或者说是生命的功能元件即蛋白质进行直接分析来描述和解释生命现象，而不是通过编码它们的基因。蛋白质组学在过去的几年内飞速发展，它将为我们提供比十年前开始的基因组计划更多的关于生命系统的信息，其原因就在于蛋白质组数据极其丰富。基因只有序列，而蛋白质具有的除了序列以外，还具有结构、生物化学和生理学功能，它们的活性受到化学修饰、细胞定位等的影响。当然，活性受到影响最大的应该是蛋白质之间以及蛋白质和其它分子之间的相互作用。如果说基因是生命指令的载体，那么蛋白质则是这些指令的执行者。基因可以看作是进化的时间标尺，而蛋白质则是决定在进化过程中接受哪些变化的分子。我们可以通过蛋白质来解释细胞以及生命系统是如何构建和维持的，当它们出现错误的时候细胞以及生命系统是如何走向灭亡的。
就像许多新兴学科一样，蛋白质组学对于一些行外人也许并没有太大的意义，但是对于那些曾经为了蛋白质的大规模分析做出了许多工作的研究者来说，应该是非常有意义的。
新的技术以及一些新的变化似乎成为了做蛋白质组学研究基础的东西。然而，要跟上这些技术和变化的确不是一件易事，蛋白质组学某一分支领域的专家也不一定能够运用他的知识来做其它分支领域的工作。作者编撰本书的目的就是想让读者对于蛋白质组学有一个宽泛的了解，而不是对蛋白质组学的各个分支领域进行非常专业的介绍，因为已经有大量的书籍介绍电泳技术、生物信息学等分支领域。
本书将蛋白质组学的分支领域浓缩起来，用比较通俗的语言简要地介绍了各个不同的蛋白质组学技术以及它们的应用。可将本书分为三个部分：
第一部分：即第一章，介绍了蛋白质组学的概念、重要意义以及研究范围。
第二部分：第二章到第九章，分别介绍了蛋白质组学的研究技术，包括蛋白质纯化鉴定技术，序列以及结构分析技术等。在每章里，作者都对分析所涉及的技术的原理做了比较详细的介绍，在这些技术具体如何操作方面，本书配以大量的图示，使得这些复杂的技术变得通俗易懂。
另外本书第九章还专门介绍了最近刚刚兴起的蛋白质芯片技术，较系统地介绍了蛋白质芯片的原理、制造以及如何使用。
第三部分：即第十章，本部分大致介绍了蛋白质组学的应用前景，包括在医学，药学和植物生物技术方面的应用。
附录：本书目录
1、 从基因组到蛋白质组
1．1 介绍
1．2 “大规模”生物学的诞生
1．3 基因组，转录组何蛋白质组
1．4 DNA和RNA水平的功能蛋白质组学
1．5 研究蛋白质组的必要性
1．6 蛋白质组学研究范围
1．7 蛋白质组学的挑战
2、 蛋白质分离纯化策略
2．1介绍
2．2一般原理
2．3双向凝胶电泳的原理
2．4蛋白质组学中双向凝胶电泳的运用
2．5液相色谱原理
2．6多向液相色谱
3、 蛋白质鉴定策略
3． 1介绍
3．2利用抗体检测蛋白质
3．3利用化学降解法确定蛋白质序列
3．4质谱技术的应用
3．5利用质谱所得数据鉴定蛋白质
4、 蛋白质定量
4．1介绍
4．2利用双向凝胶电泳研究数量蛋白质组学
4．3多样性蛋白质组学
4．4利用质谱技术研究数量蛋白质组学
5、 蛋白质组学和蛋白质序列分析
5．1介绍
5．2蛋白质家族和进化关系
5．3蛋白质序列比较的基本原理
5．4找到更多远距离关系
5．5利用序列检索比较进行蛋白质功能分析的缺陷
5．6蛋白质功能分析的其它方法
6、 结构蛋白质组学
6．1介绍
6．2蛋白质组学中研究蛋白质结构的价值
6．3测定蛋白质结构的技术
6．4蛋白质结构模拟的方法
6．5蛋白质结构比较
6．6蛋白质结构分类
6．7结构蛋白质组学：起始与结果
7、 相互作用蛋白质组学
7．1介绍
7．2蛋白质－蛋白质相互作用分析原理
7．3基于文库的研究两种蛋白质相互作用的方法
7．4利用酵母双杂交系统研究两种蛋白质相互作用
7．5利用质谱技术进行系统复合分析
7．6蛋白质定位
7．7蛋白质相互作用图谱
7．8蛋白质与小分子
8、 蛋白质的修饰
8．1介绍
8．2磷酸化蛋白质组学
8．3糖蛋白质组学
8．4泛素化蛋白质组学
9、 蛋白质芯片和功能蛋白质组学
9．1介绍
9．2蛋白质芯片的种类
9．3蛋白质芯片的制造
9．4结合到芯片的蛋白质的检测和定量
10、 蛋白质组学的应用
10．1介绍
10．2医学蛋白质组学－－疾病诊断
10．3药学蛋白质组学――药物开发
10．4蛋白质组学与植物生物技术
（武汉大学生命科学学院 向阳）