Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery
作者： Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie
R. Welch
出版： World Scientific Publishing Company
索书号： Q78/A244e /2011/Y
规划和实现基因组研究蓝图是最令人兴奋的科学研究之一，我们将有机会控制生命体的发生发育过程，而生物信息学方法将是解开答案的关键钥匙。生物信息学（Bioinformatics）是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学和蛋白质组学两方面，具体说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达的结构功能的生物信息。生物信息学作为一门新的学科领域，它是把基因组DNA序列信息分析作为源头，在获得蛋白质编码区的信息后进行蛋白质空间结构模拟和预测，然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计。基因组信息学，蛋白质空间结构模拟以及药物设计构成了生物信息学的3个重要组成部分。从生物信息学研究的具体内容上看，生物信息学应包括这3个主要部分：⑴新算法和统计学方法研究；⑵各类数据的分析和解释；⑶研制有效利用和管理数据新工具。本书介绍了一些重要的分析基因组序列的生物信息学计算方法。
《基因组序列分析和模式研究进展》是科学世界出版社出版的“科学，工程，以及生物信息学”系列丛书的第七卷（前六卷分别为----卷一：基因分析的芯片技术；卷二：生命科学资料金山中采金；卷三：通过软件分析解读生物信息；卷四：如何学习生物信息学；卷五:生物信息发掘和可视性：重要的技术；卷六：生命科学和药学的资料库技术），作者为Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie
R. Welch。Laura
Elnitski博士是一位生物分子和生物信息学家。她主要是研究脊椎动物非编码功能元件，并在小鼠、大鼠、鸡和牛的全基因组测序中任分析员。Helen Piontkivska博士现任肯特州立大学生物科学研究院助理教授。她从宾夕法尼亚州立大学获得博士学位后，有超过10年的在生物信息学和基因组进化科学上的研究经验，并发表超过35篇该领域的科研综述。Lonnie R. Welch博士曾在俄亥俄州立大学研究电脑和信息科学并博士学位，现在是俄亥俄大学电子工程和电脑科学系教授，。并且是俄亥俄生物信息学联合会议和大湖生物信息学会议的创立人及主席。此外，本书汇集了来自不同国家和具有不同背景的科学家，不同研究切入点使得这一相对新的生物学领域变得丰富，编著者通过对具体基因组序列分析和研究模式建立的介绍，使读者对通过生物信息学来研究生物基因组蓝图的发展有了更深入的理解。
《基因组序列分析和模式研究进展》分为两部分，一共9个章节。第一部分为第一到第五章，讲述了使用生物信息学手段发现和建立生物模式，例如通过何种生物信息学方法建立了大规模寻找基因调控结构域，又是通过何种生物信息学手段来研究人基因组中RNA结构元件的。第二部分是第6章到第9章，通过案例来指导如何使用电脑软件在具体的生物资料库寻找和建立自己需要的生物模式进程。
《基因组序列分析和模式研究进展》一书作为介绍生物信息学实际操作领域的权威著作，编者实力雄厚，内容详实、语言浅显易懂，具有鲜明的特色，除此之外，还包括以下一些特点：
1. 内容新颖：由于本书的编者包括来自不同国家和具有不同背景的科学家，他们带来了处于最新的实验进展和最前沿的信息。
2. 本书编排合理，从读者的角度考虑，循序渐进，由浅入深地介绍了在面对大规模生物数据时，生物信息学所能起到的作用。从具体的生物信息学案例研究让读者了解到生物信息学是处理大量生物数据所必须掌握的学科。
3．本书特别介绍了研究生物信息学的重要操作手段，详细生动的讲解了这些生物软件在处理生物数据中所起的作用及成就，并列出最新研究进展。
4.本书所提供的各种软件方法都具有实际可操作性，并配备相应的示例图表及创建软件的数学原理，并详细列出所引用的原始论文标题，方便读者在实验室中进行重复试验及查询原始论文。
5. 本书插页中有大量的精美插图，使读者在充分认识概念原理的同时也欣赏到生命科学中的艺术与美感。
总之，《基因组序列分析和模式研究进展》是一本实用性强的生物信息学导读教材，对于从事生命科学和基础医学研究的人员是非常好的专业书籍。
本书目录：
前言
作者简介
第一部分：生物模式建立的方法
第一章 大规模基因调控域的发现
第二章 R’MES:一种有效的寻找域的方法
第三章 中长度基因组中一种复杂的镶嵌模式
第四章 从碎片到CHIPs来寻找域
第五章 一种新的在人类基因组中发现RNA结构元件的方法
第二部分： 演示和范例
第六章 DNA域的标记方法
第七章 植物基因组中DNA元件的百科全书
第八章 多核高效率处理生物信息
第九章 自然选择和基因组
索引
（武汉大学生命科学学院研究生 刘杰）