作 者：Cathy H. Wu，Chuming Che
出 版：科学出版社
索 书 号：Q811.4/B615c/2013/Y
ISBN ：9787030369901
比较基因组学(Comparative Genomics)是基于基因组图谱和测序基础上，对已知的基因和基因组结构进行比较，来了解基因的功能、表达机理和物种进化的学科。利用模式生物基因组与人类基因组之间编码顺序上和结构上的同源性，克隆人类疾病基因，揭示基因功能和疾病分子机制，阐明物种进化关系，及基因组的内在结构。
蛋白质组(Proteome)指由一个基因组(genome)，或一个细胞、组织表达的所有蛋白质(Protein)。蛋白质组学本质上指的是在大规模水平上研究蛋白质的特征，包括蛋白质的表达水平，翻译后的修饰，蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的整体而全面的认识。有蛋白质组学技术的飞速发展，催生了海量数据。这些数据的收集、存储、整理和分析给生物信息学带来了挑战。在这些方面，国内相关的生物信息学研究有了一定的研究基础，但在相关知识的普及教育方面非常欠缺，最明显的是国内尚没有一本蛋白质组信息学的专著。国内正需要一本这种深入浅出、全方位介绍比较蛋白质组数据处理的科学读本，能在基础与应用层面上起到指引的作用。但凡科学离不开技术，但凡数据离不开分析。特别在眼下生命科学研究组学化、组学研究系统化的大趋势下，国内蛋白质组学的瓶颈已不再是仪器和实验，而是实验设计和数据分析。引入该书对加强、提升我国蛋白组学数据分析能力，着力于突破目前的瓶颈会起到巨大的推动作用。
《比较蛋白质组学的生物信息学（影印版）》一书于2013年由科学出版社出版，作者是C.H.Wu和C.Chen。Cathy H. Wu和Chuming Chen都是来自美国特拉华州纽瓦克市，特拉华大学，特拉华生物技术研究所计算机与信息科学系。随着蛋白质组技术在生命科学和临床应用中的快速发展，大量生物信息学方法、数据库以及软件工具等也不断的发展以支撑比较蛋白质组学研究。《比较蛋白质组学的生物信息学（影印版）》一书旨在提出当前的研究平台、挑战、面临的问题以及比较蛋白质组学中所利用的生物信息学工具和资源未来的发展趋势，同时针对比较蛋白质组学的更宽更深的需要提供一个参考策略。
《比较蛋白质组学的生物信息学（影印版）》一书涵盖了十分广泛的研究方面，文章结构主要可以分为三个主要研究方向。第一部分是第1章到第7章，主要围绕比较蛋白质组学相关的基础的生物信息学框架，首先综合介绍了大量蛋白质生物信息学数据和资源，同时介绍了常用的数据来源与获取方式等。第二部分是第8章到第18章，介绍的是蛋白质组数据分析所用到的生物信息学数据库和工具，包括基于光谱测定的蛋白质分析建模、通过数据查找的串联质谱的蛋白质鉴定、差异蛋白表达检测的LC-MS数据分析、利用光谱网络分析的蛋白质鉴定、反式蛋白质组途径、高通量ELISA微阵列数据的分析等。第三部分是第19章到第22章，综合了生物信息学系统，研究系统生物学中比较蛋白质组学的应用，主要介绍了系统生物学研究中的磷酸化蛋白质组资源、比较蛋白质组数据功能分析的蛋白质中心数据集合、蛋白质组学整合和代谢组学分析以及代谢网络功能分析的代谢模拟以及间序列蛋白质组分析。
《比较蛋白质组学的生物信息学（影印版）》一书作为干细胞生物学的相关参考书籍，内容饱满详实，语言精准，除此之外，还包括一些其他的特点。作为《分子生物学方法TM》系列丛书，《比较蛋白质组学的生物信息学（影印版）》提供了细致的、步步渐进式的描述，以及在具体实施上的建议。这些对于在实验室中获得理想的结果至关重要。该书内容全面、易于使用，对于所有希望了解蛋白质组学数据分析和系统生物学层面上比较蛋白质组学的生物信息学库、工具、新的计算方法以及未来发展趋势的读者都有所裨益。全书的每一个章节都是由相关领域的权威专家撰写，反映了相关领域的最高学术水平，对于从事蛋白质组学相关的科研工作者、学者以及对该领域有兴趣的其他外行人是来说十分具有参考价值，极具实用性和权威性。
总的说来，《比较蛋白质组学的生物信息学（影印版）》汇集了不同研究背景的相关学者的研究工作，编写过程严谨，内容饱满详实。《比较蛋白质组学的生物信息学（影印版）》可供高等院校、研究院所从事蛋白质组学数据分析的师生及研究人员阅读，是一本专业性及参考价值很高的比较蛋白质组学相关的参考资料。
本书目录：
前言
编著者
第一部分 比较蛋白质组学的生物信息学框架
1 蛋白质生物信息学数据和资源
2 蛋白质科学家的UniProt指南
3 InterPro蛋白质分类
4人类生物学途径和过程的反应组知识库
5 eFIP：一个用来挖掘来自文献中磷酸化作用功能影响的工具
6蛋白质组研究的蛋白质本体资源辅导
7 UniProt 知识库中的蛋白质功能的网站中基于规则的注释的结构指导
第二部分 蛋白质组生物信息学
8基于光谱测定的蛋白质分析建模
9 通过数据查找的串联质谱的蛋白质鉴定
10 差异蛋白表达检测的LC-MS数据分析
11 利用光谱网络分析的蛋白质鉴定
12 软件途径和MS/MS蛋白质组数据分析：反式蛋白质组途径
13高通量ELISA微阵列数据的分析
14 蛋白质组数据库和资源库
15 从出版物中整理分子相互作用数据
16 利用PRIDE Converter提交蛋白质组数据到PRIDE
17蛋白质推理引擎的自动化数据集合和转录后修饰的测定
18蛋白质亚型和修饰的鉴定的综合的自上而下和自下而上的策略
第三部分 系统生物学中的比较蛋白质组学
19 系统生物学研究中的磷酸化蛋白质组资源
20比较蛋白质组数据功能分析的蛋白质中心数据集合
21蛋白质组学整合和代谢组学分析以及代谢网络功能分析的代谢模拟
22间序列蛋白质组分析
索引
（武汉大学生命科学学院研究生 李丛）