生物信息学和基因组:当前发展

——Bioinformatics and Genomes: Current Perspectives

 

    者:Miguel A. Andrade

    版:Horizon Scientific Press

号:Q811.4/B615N/2003/Y

ISBN   1898486476

藏书地点:武大外教中心

 

生物信息学Bioinformatics)是在生命科学的研究中,以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一,同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学(Genomics)和蛋白质组学(Proteomics)两方面,具体说就是从核酸和蛋白质序列出发,分析序列中表达的结构功能的生物信息。生物信息学是一门收集、分析遗传数据以及分发给研究机构的新学科; 生物信息学特指数据库类的工作,包括持久稳固的在一个稳定的地方提供对数据的支持; 生物信息学是在大分子方面的概念型的生物学,并且使用了信息学的技术,这包括了从应用数学、计算机科学以及统计学等学科衍生而来各种方法,并以此在大尺度上来理解和组织与生物大分子相关的信息。生物信息学作为一门新的学科领域,它是把基因组DNA序列信息分析作为源头,在获得蛋白质编码区的信息后进行蛋白质空间结构模拟和预测,然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计。基因组信息学,蛋白质空间结构模拟以及药物设计构成了生物信息学的3个重要组成部分。

基因组,Genome,一般的定义是单倍体细胞中的全套染色体为一个基因组,或是单倍体细胞中的全部基因为一个基因组。可是基因组测序的结果发现基因编码序列只占整个基因组序列的很小一部分。因此,基因组应该指单倍体细胞中包括编码序列和非编码序列在内的全部DNA分子。说的更确切些,核基因组是单倍体细胞核内的全部DNA分子;线粒体基因组则是一个线粒体所包含的全部DNA分子;叶绿体基因组则是一个叶绿体所包含的全部DNA分子。

《生物信息学和基因组:当前发展》一书2003年由Horizon Scientific Press出版社出版,作者是Miguel A. Andrade

大量的生物信息学工具为我们探索快速增长的基因组,蛋白组和结构数据及相关的数据库提供了非常好的工具。但是,对于许多研究者,他们并不熟悉生物信息学工具,因为这些工具要不在杂志上,传播的范围广度有限,或者是通过技术性的语言进行描述,对于生命科学研究者来说,这样并不是他们所熟悉的方式。

在本书中,引领性的生物信息学家们回顾最近几年这个专业领域的发展。每一个章节都为读者提供了清晰的使用说明,探索已经有的工具的发展潜力。书中讨论的主题涵盖了多重对比的应用方法,表达数据的分析,结构基因组学,蛋白结构预测等。本书对于科学家研究基因组学,蛋白组学和代谢组学都是非常必要的。

《生物信息学和基因组:当前发展》一书作为生物信息学发展应用的丛书之一,介绍在过去几年生物信息学的发展和应用,内容饱满详实,除此之外,它还包括一些其他的特点:

1、具有实用性和针对性。《生物信息学和基因组:当前发展》一书内容广泛、描述简洁,在编写的过程中,所有的章节都如同一份完整的实验记录或用户手册。然而,整本书以生物信息学为中心,然后介绍了生物信息学这一工具在基因组学,蛋白质组学,代谢组学等,编写的中心明确,具有实用性和针对性。

2、案例丰富。该书在描述洞穴生态环境过程中,常穿插介绍实际案例。

    3、图文并茂。《生物信息学和基因组:当前发展》在编写的过程中配有大量原理说明性的插图,如基因组的比对过程,程序简单的脚本编译等等,图文并茂,不仅让读者在阅读过程中更加清晰明了,还能增加读者阅读的趣味性。

4、条理清晰。在该书的末尾设有主题词索引,将出现的相关比较重要的词汇都罗列出来,并予以注释在文中的页码,供读者快速寻找感兴趣的内容进行阅读。这大大方便了读者在阅读该书之时对词汇的掌握和搜寻。可以激发学生的学习兴趣或者为想要了解相关知识的人员提供了途径。

总的说来,《生物信息学和基因组:当前发展》是一本出色的生物信息学丛书,介绍了生物信息学当前的发展情况和未来的应用前景,对于组学方面的研究者来说,是一本不可多得的好书。

 

 

目录:

第一章 从测序数据预测蛋白结构域的边界

第二章 应用多重比对分析基因组数据分析的质量

第三章 表达数据的分析

第四章 维他命中基因的高移位率

第五章 从氨基酸预测翻译后修饰

第六章 基因组的自动注释和测序数据库的地位

第七章 系统生物学模型中的动力学和复杂性:代谢模拟的理论挑战

第八章 基因组数据整合的映射语言

第九章 结构基因组学和结构生物信息学

第十章 记忆法和虚拟现实在可视化基因组学和蛋白质组学数据中的作用

第十一章 假基因和基因组

第十二章 生物信息学和基因组:未来

 

 

 

武汉大学生命科学学院研究生 王鑫