蛋白质相互作用网络—计算机分析

-----Protein Interaction Networks: Computational Analysis

出版： Cambridge University Press

索书号： Q51/Z63/2009/Y

ISBN: 9780521888950

蛋白间相互作用是生命现象发生的基础，研究其相互作用可以阐明生物反应的机理，揭示生命现象的本质。虽然有一些蛋白可以以单体的形式发挥作用，但是大部分的蛋白都是通过蛋白间相互作用或形成蛋白复合物来发挥作用的。近年来，研究分子相互作用的技术不断出现。德泰生物提供蛋白相互作用检测服务，包括Fortebio octet生物膜层光学干涉技术（BLI）、免疫共沉淀（CO-IP, Co-Immunoprecipitation）、GST pull-down等，能够实现对蛋白，小分子，抗体及Fab片段等相互作用的定性定量分析。

最近50年蛋白质生物化学取得的巨大进步取决于实验成果快速发展和分析方法的巨大进步。因此，这本书的目的就是为越来越多的研究者提供蛋白质研究纲要，以及该领域的研究综述。化学生物学使用的大多数协议使用将小分子与天然蛋白质成键然后控制它们的方法。然而，当目标蛋白质在大的官能团中存在的时候，选择性的控制每个蛋白质非常困难。激酶在体内是一种使用ATP作磷酸化蛋白质及其它底物的辅助因子的酶。蛋白质磷酸化，是重要的信号传递系统的开关，指导蛋白质结构的修饰。当生长因子或激素绑到一个细胞表面上的受体时，多种激酶逐渐活化，信号被传输。有时，一种激酶通过磷酸化活化另一种。因此，如果我们能将某个激酶磷酸化特定蛋白质的途径做成谱图，这将为解释细胞与细胞表面受体结合后细胞内信号如何传递提供重要线索。一个研究方法是在存在以放射性标记磷酸基的ATP给出的信号同时，检测蛋白质与放射性标记的P成的键。虽然如此，因为已经知道人体内存在数以千计的激酶，找出每种激酶的功能并不容易，因为它们有可能是逐步活化的，也可能是平行的。计算机分析为研究蛋白质相互作用提供了有力的实验工具。

《蛋白质相互作用网络—计算机分析》一书是由Aidong Zhang主编，于2009年Cambridge University Press出版社出版。张爱东博士是纽约州立大学布法罗分校计算机科学与工程系教授，也是布法罗生物医学计算中心（BCBC）主任。她是超过190研究出版物的作者，并在国际生物信息学研究和应用杂志（IJBRA），ACM多媒体系统，国际多媒体工具和应用杂志，国际分布式和并行数据库和ACM SIGMOD DiSC（数字研讨会收集）。张博士是国家科学基金会奖学金和纽约州立大学校长研究表彰奖的获得者。

《蛋白质相互作用网络—计算机分析》蛋白质 - 蛋白质相互作用的分析是对细胞组织，过程和功能的理解的基础。蛋白质很少作为单一的分离物种;相反，参与相同细胞过程的蛋白质通常彼此相互作用。可以通过与类似的已知蛋白质的相互作用进行比较来预测未表征蛋白质的功能。最近使用诸如双杂交系统，质谱法和蛋白质微阵列等技术的蛋白质 - 蛋白质相互作用的大规模研究已经丰富了可用的蛋白质相互作用数据并促进了整合的蛋白质 - 蛋白质相互作用网络的构建。所得大量的蛋白质 - 蛋白质相互作用数据对实验研究提出了挑战。本书提供了对可用于分析蛋白质 - 蛋白质相互作用网络的计算方法的全面理解。它提供了一系列方法的深入调查，包括统计，拓扑，数据挖掘和基于本体的方法。作者讨论了这些方法的基本原理及其各自的优点和缺点，她为未来的研究提出了建议。

《蛋白质相互作用网络—计算机分析》一书作为蛋白质相互作用研究方法的专业书籍，本书有几个突出特点。

1、本书突出特点是，在书中重点介绍或者是最新研究的地方都会用蓝色突出显示。有利于读者的重点阅读。

2、本书的每个章节的主要内容，包括大量的参考文献，为读者提供了最原始的实验研究数据，因此本书也是一本对蛋白质的生物化学研究方法的综合性概括书籍，内容丰富，知识全面，值得该领域的研究者认真阅读。

3、本书还具有很强的专业性，书中的每个章节都是不同专业的核心专业知识，同时本书又有很强的基础性，它对涉及到的相关领域做了很详细的由浅入深的讲解，所以本书不但适合生物学专业的读者，同时适合化学专业的读者阅读。

4、本书的每个章节都有彩图解释，形象生动，在本书的开始，有按照字母表顺序排列的名词缩写列表，方便读者查阅，

总的说来，《蛋白质相互作用网络—计算机分析》一书为想要了解相互作用研究方法的的人员提供了全面的方法分析，作为生物化学的一本前沿研究图书，是一本值得为想要涉足该领域的人员推荐的专业书籍。

本书目录：

前言

第一章：简介

第二章：产生蛋白之间相互作用数据的试验方法

第三章：计算机预测蛋白之间相互作用的方法

第四章：蛋白质相互作用网络的基本属性和度量

第五章：蛋白质相互作用网路的模块分析

第六章：蛋白质相互作用网络的拓补分析

第七章：基于距离的模块化分析

第八章：模块化分析方法图论

第九章：蛋白质相互作用网络的流分析

第十章：蛋白质相互作用网络的统计和机器学习的基础分析

第十一章：集成的基因本体的分析蛋白质相互作用网络

第十二章：分析蛋白质相互作用网络中的数据融合

第十三章：结论

索引

（武汉大学生命科学学院研究生张英）