后基因组学:生物学的后基因组观点

——Postgenomic Perspectives on Biology after the Genome

 

    者:Sarah S. Richardson and Hallam Stevens

    版:DUKE university press Durham London

号:Q78/P857/2015/Y

I S B N  9780822358947

藏书地点:武大外教中心

人类基因组图揭示了人类遗传的机密,而对生命活动起调节作用的是蛋白质。与基因组相比,蛋白质的结构和功能更精彩,人的生命活动和健康的维护,最终要靠蛋白质的解析得到解决,这就是即将兴起的后基因组学(Postgenomic),或称蛋白质工程。

在功能基因组时代,应用生物信息学方法,高通量地注释基因组所有编码产物的生物学功能是一个重要的特征。功能基因组学的研究主要包括以下几个方面的内容,并且这几方面都与生物信息学密切相关。(1)进一步识别基因,识别基因转录调控信息,分析遗传语言。(2)注释所有基因产物的功能,这是目前基因组功能注释的主要层次。序列同源性分析、生物信息关联分析、生物数据挖掘是进行功能注释的主要生物信息学手段。(3)研究基因的表达调控机制,研究基因在生物体代谢途径中的地位,分析基因、基因产物之间的相互作用关系,绘制基因调控网络图;(4)比较基因组学研究,在基因组水平对各个生物进行对照比较,可以揭示生命的起源和进化、发现蛋白质功能。

本书《后基因组学:生物学的后基因组观点》全面介绍了目前后基因组学的发展和应用。作者对后基因组学充满激情与热爱,在书本中将呈现作者对现代基因组科学的历史和技术内容的深刻理解与对这项工作的意义和影响。作者认为,在基因组学中,会暴露科学家们在表达、证明、交流和保护工作方面的重大偏见。但,对基因组学的分析也会带来机遇。因此,本书的各个章节描述的是未知的检验假设,并提出了新颖的分析和实验方法。书本是多位科学家对后基因组学的理解与见地,集中了多位著名的科学家的思路,值得所有对基因组学感兴趣的研究人员参考。

在书本中,伊芙琳·福克斯·凯勒提到了“遗传学家的语言习惯”—这些习惯一直被遗传学家努力掌握,同时也在努力避免被它们愚弄。凯勒提醒读者基因组的程序是动态和反应性的。而John Dupre强调个体实际上是多个基因的组合,有时候我们很容易忽视哪些违背我们抽象概念的事实,但对待后基因组学需要保持开放的态度,我们才能充分理解它。

Adrian Mackenzie展示了基因组的“形状”是如何从线性的转移到高维空间的,它是任何人都无法解释的特征。鉴于此,我们可能需要转向更综合的生理学的增代表征。但是,正如哈勒姆·史蒂文斯(Hallam Stevens)在后基因组学中对网络隐喻的分析所阐明的那样,还原本主义和非还原主义之间的区别比我们想象的要复杂的多。例如,Epi遗传学被认为为研究基因调控与环境之间的相互作用提供了一种非还原论机制。

然而,正如萨拉·理查森在她对木台后生遗传学的研究中指出的那样,表观遗传学的主张常常与经典的基因还原论的解释相呼应,后者关注的是基因表达的调控机制。

本书是多位科学家智慧的结晶,能让我们看到一个全新的后基因组学的世界。除此之外,本书还具有以下几个特点:

1具有权威性和时效性。《后基因组学:生物学的后基因组观点》涵盖了目前后基因组学的发展现状和众多科学家的理解和见地,因此书本具有较大的权威性。同时,由于关于生物学的内容更新换代很快,随着后基因组学的不断发展,会书中的很多内容可能仅限于编书的当时,随着时代的发展有了更多的补充,因此,本书内容具有时效性。

2、层次鲜明,脉络清晰。《后基因组学:生物学的后基因组观点》的每一个章节都是个新的观点,相互呼应又相互配合,将书本的内容非常清晰的编排出来,具有鲜明的层次和清晰的脉络。

3、编排紧凑。该书在每一章开头都以提要和简介引入本章要讲的主要内容作为这一章的提纲挈领,并在章节末尾处对内容进行总结,并给出了关键词的解释,帮助读者对书中内容和概念进行归纳梳理,并自主进行扩展阅读。

总的来说,《后基因组学:生物学的后基因组观点》内容详实、语言生动,图文并茂,趣味性强,是动物学、生物化学、细胞学、基因组学等所有涉及到基因组学的学生和研究人员不可或缺的科学指南

 

 

 

 

 

 

 

目录

1、基因组之外

2、后基因组学的基因组

3、追求的是什么:基因组学和基因组的集合

4、多基因机制

5、机器学习与基因组维度:从微观到宏观

6、网络:后基因组学的表现工具

7、后基因组学生物学中的数据评估:数据捐赠和管理实践如何挑战科学出版系统

8、从行为遗传学到后基因组学

9、后基因组学时代健康正义的定义

10、缺失的是哪一块?测量基因组后瞬间的环境

11、后基因组序列中的母体:性别与表观遗传学的解释

12、接近基因组

参考书目

贡献者

索引

 

(武汉大学生命科学学院研究生 王鑫