Proteomics: Advances in Research and Applications

作者：Ricardo Parker

出版：Nova Science

索书号：Q51/P967ap/2019/Y

ISBN: 978-1-53616-440-4

藏书地点：武大外教中心

《蛋白质组学：研究与应用进展》一书于2019年由Nova Science出版，作者是Ricardo Parker。提供了在急性白血病中使用的蛋白质组学技术的简要概述，包括高通量反相蛋白质阵列，这将突出测量蛋白质的重要性。

在此基础上，作者讨论了奥司他韦的分子机制和使用的优缺点。文中还描述了基于蛋白质组学和转录组学的奥司他韦替代品。此外，本文还综述了近年来利用质谱为基础的蛋白质组学识别自发性早产早期预测的生物标志物的研究。

为了了解木质纤维素生物质的高效降解机制，需要对碳水化合物降解酶和代谢酶进行全面分析。因此，作者总结了与不同碳源培养的C.纤维素菌的蛋白质组学分析，并就C.纤维素菌如何根据碳源优化不同的酶提供了一些见解。最后一章重点介绍了比较荧光凝胶电泳，该技术于2009年发明，此后成为二维蛋白质聚丙烯酰胺凝胶电泳中可重复坐标分配的主要方法。

第一章-急性髓系白血病(AML)发生在所有年龄段，尽管在儿童人群中存活率明显更好，但它仍然是一个儿童和成人癌症死亡的主要原因。AML的特点是髓系干细胞的克隆扩增，其无限的外周特性导致白血病细胞浸润骨髓、外周血和实体器官。然而，AML存在巨大的生物学异质性，患者之间的预后差异很大。目前的风险分层是基于生物学特征，如分子遗传异常和细胞遗传学。尽管细化个体预后指导治疗策略的进展，靶向基因突变和染色体易位仍然很困难。由于基因异常的细胞净效应，以及表观遗传和环境影响，主要由蛋白质表达水平及其激活状态决定，对蛋白质组的评估可能有助于风险分层，并可能为AML的靶向治疗指导提供线索。在本章中，作者将简要概述在急性白血病中使用的蛋白质组学技术，包括高通量反相蛋白阵列(RPPA)，除了基因组学，还将强调测量蛋白质的重要性，并将讨论蛋白质组学的应用，包括AML病理生理学中的生物异质性的揭示，患者风险分类，蛋白质靶点发现和治疗选择。最后，作者将对蛋白质组学在临床中的当前挑战和未来潜力进行评述。

第二章-甲型流感病毒是威胁人类生命的最危险的病原体之一。甲型流感病毒的默认治疗方法之一是处方药物奥司他韦。然而，由于甲型流感病毒作为一种rna基病毒的突变率，对奥司他韦有耐药性的趋势。在这方面，应该设计新的方法来抵御甲型流感的威胁，主要使用基于现代蛋白质组学和转录组学的方法。本文首先讨论了奥司他韦的分子作用机理及其应用的优缺点。文中还将介绍基于蛋白质组学和转录组学的奥司他韦替代品。作者基于蛋白质组学的计算方法已经成功地产生了一些细粒度的设计，例如基于环肽、基于黄酮和金刚烷胺衍生物的先导。由于环肽在人体生理系统中的稳定性，因此其设计具有广阔的前景。同时，基于生物多样性数据库的天然产物和现有药物的衍生产物的可用性也不容忽视。然而，另一种方法也正在开发，基于转录组学方法，编码和非编码rna被用作候选药物。目前最常见的候选药物是沉默(si)RNA，这是一种短链非编码RNA。困扰基于rna的药物的问题主要是传递到目标的方式，因为这种分子在细胞中趋于不稳定。在这方面，最好的方法总是取决于医生的诊断结果。尽管如此，奥司他韦仍然是治疗甲型流感的默认药物，与扎那米韦等其他药物联合使用。

第三章-早产(PTL)定义为妊娠<37周分娩，是现代产科的一个主要健康问题。全世界每年约有1 500万婴儿早产，其中有100多万不到2岁。早产儿也面临长期不良反应的高风险。病因尚不清楚，但可能是多因素的，与胎盘功能受损有关。近年来，利用质谱蛋白质组学技术对胎盘和母体外周血蛋白谱的研究显示，正常妊娠和复杂妊娠之间的蛋白表达存在差异，这为蛋白质的病理生理作用提供了有价值的信息，并为监测妊娠并发症识别潜在的生物标志物。在此，作者回顾了最近的研究，旨在利用质谱为基础的蛋白质组学识别sPTL早期预测的生物标志物。

第四章-木质纤维素生物质作为一种可再生的替代碳源已受到广泛关注。木质纤维素生物质具有高度复杂和坚固的结构，由纤维素、半纤维素、“果胶和木质素”组成。因此，由于木质纤维素生物质的结构，其降解为单糖是困难的。对于这种木质纤维素生物质的降解，厌氧细菌纤维素梭菌具有吸引人的特点。纤维素梭菌分泌一种叫做“纤维素some”的大型酶复合体，这种复合体可以有效降解纤维素生物质。为了更有效地降解纤维素生物质，c.纤维素胞菌优化了纤维素染色体。和非纤维体酶取决于碳源。为了了解木质纤维素生物质的高效降解机制，需要对碳水化合物降解酶和代谢酶进行全面分析。在本章中，作者总结了在不同碳源下培养的纤维素梭菌的蛋白质组学分析，并对纤维素梭菌如何根据碳源优化不同的酶提供了一些见解。

第五章-比较荧光凝胶电泳(CoFGE)于2009年发明，自那时起已成为生产二维蛋白质-聚丙烯酰胺凝胶电泳中坐标分配的主要方法。该方法基于在一次凝胶运行中使用至少两种荧光染料:一种用于分析物，另一种用于内部蛋白质标记，它在凝胶中生成一个参考点网。一种附加染料可用于标记标准稀释度。尽管该标记最初仅用于为校正分析物坐标提供锚点，但由于荧光强度与引起荧光的蛋白质含量相关，它也可额外用于定量。参考网由8 - 10个8 - 100kda范围内的蛋白质和40个标记孔组成，以便一次下入几种标准浓度。凝胶电泳的主要缺点-可重复性和缺乏标准化-因此最终消失了。

本书目录：

前言

第1章急性髓系白血病的蛋白质组学：靶向治疗选择和风险分层指南

第2章基于蛋白质组学和转录组学方法的奥司他韦和其他先导化合物对甲型流感病毒的分子机制

第3章基于质谱的早产蛋白质组学

第4章基于单体纳米LC/MS/MS的软生物质微生物降解蛋白质组分析

第5章通过比较荧光凝胶电泳（CoFGE）进行标准化和定量

索引

邹娟武大生科院博士研究生