Handbook of
Systems Biology
系统生物学手册
作者：Alexis White
出版：Callisto Reference Press
索书号：Q111/H236/2019/ Y
ISBN: 978-1-64116-143-5
藏书地点:武大外教中心
系统生物学是一门横跨多学科的科学领域，旨在通过计算和数学建模来探究自然界复杂的生物系统。这个领域的目标是模拟和发现细胞、组织和生物体作为一个整体系统的特性，其中包括了代谢网络和细胞信号网络等方面的研究。系统生物学紧密关联着一系列相关学科，包括表型组学、基因组学、表观遗传学、蛋白质组学以及生物组学等。它是一个充满活力且不断发展的科学领域，在过去的几十年里经历了迅猛的发展。
《Handbook of Systems Biology》是一本全面介绍系统生物学的手册，它涵盖了广泛的主题，从基础概念到前沿研究领域。这本手册首先系统性地介绍了系统生物学的基础概念，包括生物网络、信号传导、代谢途径等，为读者提供了坚实的理论基础。接下来，书中深入研究了系统生物学研究所需的实验技术和工具，包括高通量测序、蛋白质组学、代谢组学等先进方法。
书中还详细解释了数学建模和计算方法的应用，使读者了解如何将数学模型应用于生物系统的研究，包括动力学模型、网络拓扑分析等。生物网络分析是本书的另一个重要主题，介绍了构建、分析和可视化生物网络的方法，包括蛋白质-蛋白质相互作用网络和基因调控网络等。
此外，本书突出了系统生物学在医学领域的应用，探讨了在药物研发、疾病机制研究和个体化医学中的潜在作用。它还提供了关于生物学数据库和计算工具的信息，帮助读者充分利用这些资源进行系统生物学研究。最后，本书还包括了当前系统生物学领域的前沿研究，如单细胞系统生物学、人体微生物组研究等，为读者展示了未来的研究方向。
综合而言，这本手册通过一系列连贯的章节，从多个角度深入介绍了系统生物学的核心概念、方法和应用。它为学生、研究人员和科学家提供了一本全面而深入的参考书，帮助他们更好地理解和应用系统生物学的知识和技术。如果你想要详细了解这本书的具体内容，我建议你查询该书的官方出版物、图书馆目录或在线书店。
《系统生物学手册》一书于2019年由Callisto Reference Press出版，作者是Alexis White。
《系统生物学手册》一书中，研究人员介绍了生理学和医学建模的基本概念，重点是最近的技术发展，讨论的主题主要包括十五个章节。《系统生物学手册》一书从各个方面讲解了生理学和医学建模的基础内容和研究方法，旨在为想要进一步研究生理学和医学建模的研究人员提供简明易懂的介绍以及方法技术指导。
《系统生物学手册》一书作为生理学和医学建模专业研究读物，观点新颖独到，内容饱满详实、语言浅显易懂，除此之外，还包括一些其他的特点：
1、本书分为十五个章节，既讲解了生理学和医学建模的基础知识，还讲解了深入研究生理学和医学建模的应用范围，是一本应用性很强的书籍，对于想要学习研究生理学和医学建模的研究人员来说是一本很有意义的指导书籍。
2、每个章节都是由相关领域的专业人士所撰写，因此，本书讲解既详细又专业，读者能够从中了解到生理学和医学建模相关的专业知识以及最新的前沿进展。
总的说来，《系统生物学手册》一书为想要了解生理学和医学建模的研究方法的人员提供了清晰的导读路径，作为生理学和医学建模领域的一本前沿研究图书，是一本值得为想要涉足该领域的人员推荐的专业书籍。
本书目录：
贡献者名单
前言
评论家
第一节:生物系统的组成部分
第一章 细胞系统蛋白质组学分析
介绍
基于ms的蛋白质组学工作流程
计算蛋白质组学
深度表达蛋白质组学
相互作用蛋白质组学
翻译后修饰的大规模测定
展望与未来挑战
参考文献
第二章 编码和非编码转录组
介绍
从DNA到蛋白质序列的途径
方法确定参考转录组
人类转录组
结论与未来挑战
参考文献
第二节:生物系统的网络特性
第三章 Interactome网络
介绍
参考蛋白-蛋白相互作用组图的建立
从互动网络中得出推论
走向动态交互组
结束语
致谢
参考文献
第四章 基因调控网络
细胞就是计算机
基因调控
转录
基因调控网络(GRNs)
未来的挑战
致谢
参考文献
第五章 利用定量细胞特征分析信号网络的结构、功能和信息流
线性盒的概念和信号转导中的模块化
信号转导通路的遗传解剖
识别蜂窝信号网络“部分”的系统方法
定量RNAi签名或表型推断上下文依赖信息流通过细胞信号网络
结束语
参考文献
第六章 基因网络
介绍
定义基因相互作用
酵母基因相互作用网络图谱的实验方法
探索基因相互作用网络
整合基因相互作用与其他生物网络
绘制其他生物的基因相互作用图
遗传网络保护
扩大遗传网络:突变等位基因，条件和表型
遗传相互作用和全基因组关联研究
致谢
参考文献
第七章。染色体的空间结构
介绍
基本材料:染色质纤维
染色体的高分子物理学
核约束和染色体区域的形成
基因组锚定在固定支架上
染色体的内部组织:沿染色体和染色体之间的远距离相互作用
基因组折叠和细胞核组织的随机相互作用驱动模型
未来的挑战
参考文献
第八章 化学基因组分析:了解细胞对药物的反应
人类基因组计划对医疗保健和生物学的影响
基因组学的影响:改变对药物和细胞行为的认识
结论与未来挑战
参考文献
第九章 蜂窝网络的图论性质
介绍
作为图的生物系统
图论的工具
Erdős-Rényi模型的成功与失败
蜂窝网络的无标度性质
层次和模块化
聚会与约会中心
度的相关性
人类疾病网络
蜂窝网络的构建模块
超越拓扑学
从结构到动力学
参考文献
第三部分:生物系统的动态和逻辑特性
第十章 蜂窝信号网络的布尔模型
介绍
布尔网络与生物系统
布尔网络建模
应用实例
结论及未来发展方向
参考文献
第十一章 转录网络逻辑:发育的系统生物学
发展是基因组的全系统直接输出
GRN结构组件和模型表示
管制国家概念
开发中的全系统深度信息流
发展过程的一般特
GRN发育动力学
发展中grn介导的空间控制的例子
结论:发展的解释
校样中添加的说明
确认
参考文献
第十二章 基因组尺度代谢网络的重建
介绍
重建过程
重建的标准
应用程序
未来的发展方向
术语表
致谢
参考文献
第十三章 生物系统中的基因型网络和进化创新
介绍
代谢网络及其创新
监管电路及其创新
大分子及其创新
走向对创新的系统理解
基因型空间及其表型
参考文献
第十四章 真核细胞周期中的不可逆转变、双稳态和检查点控制:系统级理解
介绍
不可逆性和双稳定性
出芽酵母细胞周期中的不可逆转变
哺乳动物细胞周期的不可逆转变
额外的检查点
结论
参考文献
第十五章 系统设计空间中的表型和设计原则
背景
表型
设计原则
结论与未来挑战
致谢
林岚 武汉大学生命科学学院 博士研究生